| 1952年1月 | 名古屋市中区正木町に日東肥糧株式会社を資本金80万円にて設立
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| 1953年4月 | 本社に化成肥料の生産設備を新設
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| 1955年4月 | 静岡市鷹匠町に静岡出張所（現：静岡営業所）を開設
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| 1958年4月 | 名古屋市港区いろは町へ名古屋工場を新設し、化成肥料、配合肥料の生産を開始
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| 1959年3月 | 名古屋市港区いろは町に本社移転。日東肥料化学工業株式会社に商号変更
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| 1961年4月 | 福岡市呉服町に福岡出張所（現：福岡営業所、福岡市中央区）を開設
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| 1962年1月 | 大阪市西区江戸堀に大阪出張所（現：大阪営業所）を開設
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| 1965年8月 | 札幌市に札幌出張所（現：札幌営業所）を開設
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| 1968年5月 | 北海道室蘭市に室蘭支店及び室蘭工場を新設、名古屋市港区に名古屋支店（現：名古屋営業所）を開設
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| 1974年10月 | 北海道苫小牧市に苫小牧工場を新設
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| 1976年5月 | 仙台市に仙台事務所（現：仙台営業所）を開設
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| 1977年10月 | 昭和肥糧株式会社と合併
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| 1982年12月 | 千葉県市原市に千葉支店及び千葉工場を新設
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| 1991年8月 | 名古屋工場配合肥料生産設備を更新
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| 1992年7月 | 日東エフシー株式会社に商号変更
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| 1995年9月 | 名古屋証券取引所市場第二部に上場
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| 1995年10月 | 名古屋工場化成肥料生産設備を更新
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| 1997年12月 | 千葉工場に配合肥料生産設備を新設
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| 2001年10月 | 室蘭工場配合肥料生産設備を更新
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| 2002年8月 | 東京証券取引所市場第二部に上場
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| 2003年7月 | 工業用塩化カリ及び肥料などの輸入商社である明京商事株式会社を子会社化
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| 2015年1月 | 苫小牧工場敷地内の遊休地を活用して太陽光発電による売電を開始
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| 2015年8月 | 東京証券取引所及び名古屋証券取引所市場第一部に上場
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| 2019年9月 | 東京証券取引所及び名古屋証券取引所、上場廃止
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| 2023年11月 | 株式会社イチネンホールディングス(東証プライム上場)の完全子会社となる
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| 2026年4月 | 肥料の製造・販売会社である太陽肥料株式会社を子会社化
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